次にFISH法の原理および操作手順について説明する．

まず，標本を作成し、次に標本とプローブのDNAを熱変性し1本鎖にする．
37℃で1晩ハイブリダイゼーションして，それぞれのDNAを相補的に結合させる．
次に，洗浄によって余分なDNAを除去し，DAPI染色にて核を対比染色して蛍光顕微鏡で観察する．